W 1648 doszło do powstania Chmielnickiego – buntu rzeszy kozaków. Po unii polsko-litewskiej część szlachty miała korzenie ukraińskie. Żydzi wówczas byli reprezentantami spraw szlacheckich – prowadzili sklepy etc. W czasie powstania Chmielnickiego doszło do rzezi społeczności żydowskiej, część sprzedano w niewolę i wywieziono do Turcji.
Życie Żydowskie na kresach Rzeczypospolitej umiera.
Potop Szwedzki (1656-57) umacnia nastroje antysemickie. Żydzi zostają oskarżenie o współpracę ze Szwedami, ciągle towarzyszy im atmosfera podejrzeń ze strony polskiej. W 1768 roku wybucha powstanie na koliowszczyźnie, które wymierzone jest m.in. przeciwko Żydom.
Wielu z nich, doświadczając na każdym kroku niechęci, zadawało sobie pytanie „czy to są czasy ostateczne?
„Żydzi, którzy przeżyli, musieli się uporać z szokiem wywołanym pogromami. Oprócz tego okazało się, że choć co prawda część Polski broniła ich i walczyła wspólnie z nimi, jednak wielu się od nich odsunęło, składając ich w ofierze. Ataki ze strony Kościoła katolickiego zyskiwały coraz większ oddźwięk. Jak należało na to zareagować? Dotychczasowe instytucje leżały w gruzach. Kwiat żydowskiej uczoności uległ zagładzie. Powstańcy zniszczyli wiele szkół i uczelni, a także cennych zbiorów bibliotecznych. Mimo wielkich wysiłków nie udało się ponownie osiągnąć wysokiego poziomu edukacji. Ucierpiała również instytucja kahału, choć szybko udało się na nowo zorganizować gminy. Obserwujemy tu zdumiewające zjawisko – po zniknięciu w wyniku niepokojów wielu banków i domów kredytowych, duża część szlachty, a nawet duchowieństwa powierza swoje pieniądze władzom gmin żydowskich. Kahał stał się tymczasowym „bankiem” wykorzystując w inny sposób rolę żydowskiego pośrednika”. (Heiko Haumann, Historia Żydów w Europie Środkowej i Wschodniej, wyd. Adamantan).
W czasie pogromów i niechęci wobec wyznawców religii mojżeszowej, pojawiają się nowe, żydowskie ruchy religijne, które istnieją do dziś.
